考古学の最先端と次世代シーケンサー、DNA解析はココまで来ている
適当に考古学関連の記事を漁っていたら、古代人の食べていた鳥の骨からDNAを採取して分析する~という内容のものがあった。
手法自体は何度か見かけたことのあるものだったのだが、その中に、「高性能な次世代シーケンシング(DNA sequencing)を使って分析する」という文言があり、ん…? となった。
次世代シーケンサーという言葉自体はたまに見かけるが、今ってどのくらい高性能になってんの?
というわけでちょっと調べてみた。
例)※適当にググったのでどこかの企業のページ
https://www.cosmobio.co.jp/support/technology/a/next-generation-sequencing-introduction-apb.asp
ここに「次世代シーケンシング(NGS)は数千から数百万ものDNA分子を同時に配列決定可能な強力な基盤技術です」とあり、確かに一昔前よりとんでもなく性能UPしていることが分かる。ちなみに、ここで言う「配列決定」とは、DNAの塩基の配列を”決定"する行為で、「アデニン」とか「チミン」とか「シトシン」とかいうアレのことだ。たぶん中学校あたりの理科の授業で習ってるのではないかと思う。
DNAの分析は、この配列決定からスタートする。
そして、次世代と前世代は何が違うかというと、前世代のシーケンスはDNAを一本の鎖として順番に分析していくもの。途中で鎖が切れてるとか、大きく欠損しているとかで分析出来なかったのはそのせいだったと思う。
対して、次世代シーケンスはDNAを最初からぶった切って増幅してパターンを見る感じのやり方をしている。なので欠損に強い。

※PCRについては、以前エジプトミイラの分析手法に使われていたため調べたことがある。
・ツタンカーメンの親子鑑定DNA解析に見る問題点(1) STR検査法とその使い方
https://55096962.seesaa.net/article/201604article_20.html
・ツタンカーメンの親子鑑定DNA解析に見る問題点(2) 科学の体裁を模した"解体ショー"
https://55096962.seesaa.net/article/201604article_23.html
ロジックが洗練されてソフトウェアが最適化されたことに加え、最近ではハードウェア性能も上がっている。分析の速度UPもなるほどなぁという感じ。一昔前なら出来なかっただろう、考古学と遺伝学のコラボや、遺伝学と生物学のコラボ研究が増えているのも、結果が出せるからなのだと分かった。
あと何か見つけた動画
次世代シーケンス用語がわかる!変異解析のための最適なカバレッジ
https://www.youtube.com/watch?v=-wqt0OCR6UA
というかこれ、考古学は文系ジャンルだから~とか言って全然勉強しない人はマジで乗り遅れるやつですね。うまく使えば色々応用きいて面白そう。
中の人も本業はいちおう技術者の端くれなので、こういうやつ好き。また時間あるときにちょっと調べてみようと思う。
手法自体は何度か見かけたことのあるものだったのだが、その中に、「高性能な次世代シーケンシング(DNA sequencing)を使って分析する」という文言があり、ん…? となった。
次世代シーケンサーという言葉自体はたまに見かけるが、今ってどのくらい高性能になってんの?
というわけでちょっと調べてみた。
例)※適当にググったのでどこかの企業のページ
https://www.cosmobio.co.jp/support/technology/a/next-generation-sequencing-introduction-apb.asp
ここに「次世代シーケンシング(NGS)は数千から数百万ものDNA分子を同時に配列決定可能な強力な基盤技術です」とあり、確かに一昔前よりとんでもなく性能UPしていることが分かる。ちなみに、ここで言う「配列決定」とは、DNAの塩基の配列を”決定"する行為で、「アデニン」とか「チミン」とか「シトシン」とかいうアレのことだ。たぶん中学校あたりの理科の授業で習ってるのではないかと思う。
DNAの分析は、この配列決定からスタートする。
そして、次世代と前世代は何が違うかというと、前世代のシーケンスはDNAを一本の鎖として順番に分析していくもの。途中で鎖が切れてるとか、大きく欠損しているとかで分析出来なかったのはそのせいだったと思う。
対して、次世代シーケンスはDNAを最初からぶった切って増幅してパターンを見る感じのやり方をしている。なので欠損に強い。

※PCRについては、以前エジプトミイラの分析手法に使われていたため調べたことがある。
・ツタンカーメンの親子鑑定DNA解析に見る問題点(1) STR検査法とその使い方
https://55096962.seesaa.net/article/201604article_20.html
・ツタンカーメンの親子鑑定DNA解析に見る問題点(2) 科学の体裁を模した"解体ショー"
https://55096962.seesaa.net/article/201604article_23.html
ロジックが洗練されてソフトウェアが最適化されたことに加え、最近ではハードウェア性能も上がっている。分析の速度UPもなるほどなぁという感じ。一昔前なら出来なかっただろう、考古学と遺伝学のコラボや、遺伝学と生物学のコラボ研究が増えているのも、結果が出せるからなのだと分かった。
あと何か見つけた動画
次世代シーケンス用語がわかる!変異解析のための最適なカバレッジ
https://www.youtube.com/watch?v=-wqt0OCR6UA
というかこれ、考古学は文系ジャンルだから~とか言って全然勉強しない人はマジで乗り遅れるやつですね。うまく使えば色々応用きいて面白そう。
中の人も本業はいちおう技術者の端くれなので、こういうやつ好き。また時間あるときにちょっと調べてみようと思う。